虛擬目錄是一種讓IIS將伺服器上特定資料夾作為網站的一部分來進行存取的機制，透過設定虛擬目錄，我們可以將網站連接到網路磁碟機或File Server，不但能上傳檔案，也能讀取或下載檔案，以下將介紹IIS虛擬目錄的設定流程。
步驟1：開啟IIS管理員，找到左邊選單的「站台」，點擊「新增虛擬目錄」。
步驟2：虛擬目錄「別名」設定資料夾的別名，虛擬目錄「實體路徑」輸入主機IP和資料夾的別名，點擊「連線身分」。
步驟3：點擊「特定使用者」的設定虛擬主機的認證（帳號、密碼）。
步驟4：輸入虛擬主機的帳號和密碼。
步驟5：在IIS站台可以看到虛擬目錄的資料夾，就代表虛擬目錄的連線已設定完成。
完成以上5個虛擬目錄的設定，我們就可以上傳檔案到剛剛建立的虛擬目錄，也可以下載檔案或讓網頁伺服器直接讀取虛擬目錄的檔案。